Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP40Q9NVE5 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP40Q9NVE5 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.5 ms