Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
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USP53Q70EK8 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
USP53Q70EK8 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
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