Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.2 ms