Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms