Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS4AQ9UN37 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS4AQ9UN37 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms