Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NUP88Q99567 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
NUP88Q99567 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms