Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP28Q96RU2 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90 ms