Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VPS39Q96JC1 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms