Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.9 ms