Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3Q7Z494 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms