Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIG3P49916 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIG3P49916 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIG3P49916 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIG3P49916 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIG3P49916 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIG3P49916 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIG3P49916 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIG3P49916 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms