Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL18A1P39060 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL18A1P39060 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms