Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC20.27■□□□□ 0.83
SDC1P18827 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SDC1P18827 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SDC1P18827 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SDC1P18827 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SDC1P18827 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SDC1P18827 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SDC1P18827 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms