Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CCDC9Q9Y3X0 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
CCDC9Q9Y3X0 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
CCDC9Q9Y3X0 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms