Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP40Q9NVE5 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP40Q9NVE5 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms