Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.96
CCDC87Q9NVE4 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
CCDC87Q9NVE4 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms