Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC36.23■■■■□ 3.39
CUX1P39880 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
CUX1P39880 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC36.22■■■■□ 3.39
CUX1P39880 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CUX1P39880 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
CUX1P39880 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.38
CUX1P39880 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
CUX1P39880 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC36.18■■■■□ 3.38
CUX1P39880 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CUX1P39880 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
CUX1P39880 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
CUX1P39880 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CUX1P39880 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CUX1P39880 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CUX1P39880 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC36.17■■■■□ 3.38
CUX1P39880 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CUX1P39880 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CUX1P39880 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CUX1P39880 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CUX1P39880 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CUX1P39880 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CUX1P39880 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CUX1P39880 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CUX1P39880 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
CUX1P39880 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
CUX1P39880 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CUX1P39880 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CUX1P39880 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
CUX1P39880 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
CUX1P39880 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.38
CUX1P39880 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.38
CUX1P39880 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC36.13■■■■□ 3.38
CUX1P39880 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC36.13■■■■□ 3.38
CUX1P39880 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.38
CUX1P39880 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.38
CUX1P39880 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CUX1P39880 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms