Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SDC1P18827 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SDC1P18827 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SDC1P18827 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63 ms