Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VCANP13611 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VCANP13611 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VCANP13611 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VCANP13611 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VCANP13611 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VCANP13611 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VCANP13611 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VCANP13611 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VCANP13611 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VCANP13611 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VCANP13611 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VCANP13611 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VCANP13611 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VCANP13611 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VCANP13611 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VCANP13611 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VCANP13611 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VCANP13611 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VCANP13611 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VCANP13611 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms