Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
TRIM35Q9UPQ4 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
TRIM35Q9UPQ4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM35Q9UPQ4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM35Q9UPQ4 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms