Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMD1Q9UGP4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms