Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
EXOSC4Q9NPD3 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
EXOSC4Q9NPD3 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms