Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP47Q96K76 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP47Q96K76 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP47Q96K76 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP47Q96K76 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP47Q96K76 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP47Q96K76 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
USP47Q96K76 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC30.14■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP47Q96K76 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP47Q96K76 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms