Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NPHP3Q7Z494 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP3Q7Z494 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP3Q7Z494 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms