Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	YBR096W	YBR096W	693 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	ROK1	YGL171W	1695 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	TPD3	YAL016W	1908 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	NUP133	YKR082W	3474 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	DSL1	YNL258C	2265 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	VPS45	YGL095C	1734 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	TRS120	YDR407C	3870 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	ALO1	YML086C	1581 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	PBS2	YJL128C	2007 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	APE2	YKL157W	2859 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	ALA1	YOR335C	2877 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YDR535C	YDR535C	501 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tK(UUU)D	tK(UUU)D	73 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tK(UUU)G1	tK(UUU)G1	73 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tK(UUU)G2	tK(UUU)G2	73 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tK(UUU)K	tK(UUU)K	73 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tK(UUU)L	tK(UUU)L	73 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tK(UUU)O	tK(UUU)O	73 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tK(UUU)P	tK(UUU)P	73 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YGL132W	YGL132W	336 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YHR180W	YHR180W	492 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YJR128W	YJR128W	360 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YKR070W	YKR070W	1059 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	CAF20	YOR276W	486 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	MRPL27	YBR282W	441 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	DSN1	YIR010W	1731 nt		3.72	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	RPO21	YDL140C	5202 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	PRP11	YDL043C	801 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YDL158C	YDL158C	309 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	RPL22B	YFL034C-A	369 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YFL051C	YFL051C	483 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	ERJ5	YFR041C	888 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	KXD1	YGL079W	657 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	RPB8	YOR224C	441 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	JIP5	YPR169W	1479 nt		3.71	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	PRP3	YDR473C	1410 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	AEP3	YPL005W	1821 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	TRK1	YJL129C	3708 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	RPP1A	YDL081C	321 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SEC53	YFL045C	765 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YGL117W	YGL117W	798 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YGL138C	YGL138C	1038 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YHI9	YHR029C	885 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	CAP2	YIL034C	864 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SOD1	YJR104C	465 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	MET14	YKL001C	609 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YLR428C	YLR428C	345 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YBL029C-A	YBL029C-A	285 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YMR099C	YMR099C	894 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	MRPL16	YBL038W	699 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YMR316C-A	YMR316C-A	312 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	INN1	YNL152W	1230 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	CAT5	YOR125C	702 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YIG1	YPL201C	1386 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YOR365C	YOR365C	2112 nt		3.7	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	NTH1	YDR001C	2256 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SDS23	YGL056C	1584 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	MGA1	YGR249W	1371 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	TSC13	YDL015C	933 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	CBS2	YDR197W	1170 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YDR355C	YDR355C	303 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SPI1	YER150W	447 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YGL204C	YGL204C	306 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YGR018C	YGR018C	330 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	IRC9	YJL142C	393 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	IES3	YLR052W	753 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	APC9	YLR102C	798 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YLR339C	YLR339C	552 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SAM37	YMR060C	984 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	MER1	YNL210W	813 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	TRM112	YNR046W	408 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	ELM1	YKL048C	1923 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	RAD54	YGL163C	2697 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	COM2	YER130C	1332 nt		3.69	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	MNR2	YKL064W	2910 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SST2	YLR452C	2097 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YFR057W	YFR057W	456 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	RSM25	YIL093C	795 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	PET130	YJL023C	1044 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SRP40	YKR092C	1221 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YAR075W	YAR075W	474 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YPT53	YNL093W	663 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	IPP1	YBR011C	864 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SUR1	YPL057C	1149 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YBR116C	YBR116C	528 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	ERV15	YBR210W	429 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	RPA135	YPR010C	3612 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	UBP12	YJL197W	3765 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YDR131C	YDR131C	1671 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	ORC4	YPR162C	1590 nt		3.68	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	BCK2	YER167W	2556 nt		3.67	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	YGR026W	YGR026W	837 nt		3.67	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	RPL24B	YGR148C	468 nt		3.67	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	COX2	Q0250	756 nt		3.67	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	COX23	YHR116W	456 nt		3.67	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	GCD14	YJL125C	1152 nt		3.67	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	SWC7	YLR385C	399 nt		3.67	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	FMP41	YNL168C	780 nt		3.67	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	TAF1	YGR274C	3201 nt		3.66	□□□□□ -1.82
SHP1	P34223	DET1	YDR051C	1005 nt		3.66	□□□□□ -1.82

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