Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USH1CQ9Y6N9 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms