Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC9Q9Y3X0 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms