Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CHMP3Q9Y3E7 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.1 ms