Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms