Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SHANK3Q9BYB0 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms