Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NAPA-205ENST00000594001 1417 ntTSL 223.74■■□□□ 1.398e-9■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 NAPA-207ENST00000594217 554 ntTSL 514.77□□□□□ -0.058e-9■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 AC073548.1-201ENST00000624088 1882 ntBASIC14.47□□□□□ -0.098e-9■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 NAPA-217ENST00000597778 3898 ntTSL 210.97□□□□□ -0.658e-9■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 SIRT2-202ENST00000358931 1912 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.382e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 SIRT2-213ENST00000462654 2539 ntTSL 1 (best)17.18■□□□□ 0.342e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 SIRT2-215ENST00000479290 4734 ntTSL 216.37■□□□□ 0.212e-7■■■■■ 29.5
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UPF1Q92900 SIRT2-204ENST00000392081 2062 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.12e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.152e-11■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.792e-11■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.792e-11■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.391e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ITPRIP-202ENST00000337478 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.182e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ITPRIP-203ENST00000358187 3981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.332e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ITPRIP-201ENST00000278071 6807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.382e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 TRMT61A-201ENST00000299202 2827 ntTSL 1 (best)18.56■□□□□ 0.563e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 TRMT61A-202ENST00000389749 3229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.42□□□□□ -0.13e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.19e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 LRG1-201ENST00000306390 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.39e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ASPH-203ENST00000379454 5268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.19□□□□□ -0.467e-19■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.335e-8■■■■■ 29.4
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UPF1Q92900 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.555e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.615e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.72e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 NECTIN2-203ENST00000585601 650 ntTSL 321.81■■□□□ 1.082e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 NECTIN2-205ENST00000591581 950 ntTSL 218.73■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 DDRGK1-203ENST00000470203 480 ntTSL 317.76■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 ATF3-202ENST00000341491 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.188e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 ATF3-209ENST00000492118 2103 ntTSL 213.47□□□□□ -0.258e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 ATF3-211ENST00000613954 2031 ntTSL 5 BASIC12.39□□□□□ -0.438e-7■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 ATF3-206ENST00000366987 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.89□□□□□ -0.678e-7■■■■■ 29.4
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UPF1Q92900 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.12e-13■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 ACACA-234ENST00000614482 2177 ntTSL 212.6□□□□□ -0.396e-11■■■■■ 29.4
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UPF1Q92900 ACACA-240ENST00000617649 7912 ntTSL 5 BASIC6.7□□□□□ -1.343e-11■■■■■ 29.4
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UPF1Q92900 GAA-202ENST00000390015 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.534e-10■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.197e-9■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 CES3-208ENST00000570236 1826 ntTSL 518.63■□□□□ 0.571e-8■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 CNTNAP1-204ENST00000591662 4499 ntTSL 1 (best)10.61□□□□□ -0.711e-8■■■■■ 29.4
UPF1Q92900 PTMA-206ENST00000412128 863 ntTSL 335.44■■■■□ 3.269e-18■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PTMA-208ENST00000448874 1108 ntTSL 224.54■■□□□ 1.529e-18■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PTMA-212ENST00000481928 1635 ntTSL 321.33■■□□□ 1.019e-18■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PTMA-201ENST00000341369 1212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.119e-18■■■■■ 29.3
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UPF1Q92900 PTMA-202ENST00000409115 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.079e-18■■■■■ 29.3
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UPF1Q92900 PIGT-254ENST00000640123 847 ntTSL 519.78■□□□□ 0.761e-9■■■■■ 29.3
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UPF1Q92900 PIGT-264ENST00000640585 2203 ntTSL 515.61■□□□□ 0.091e-9■■■■■ 29.3
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UPF1Q92900 PIGT-220ENST00000638537 1902 ntTSL 515.21■□□□□ 0.021e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-258ENST00000640253 1418 ntTSL 215.2■□□□□ 0.021e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-243ENST00000639292 1938 ntTSL 515.17■□□□□ 0.021e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-236ENST00000638978 2091 ntTSL 514.9□□□□□ -0.021e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-267ENST00000640666 2502 ntTSL 514.53□□□□□ -0.081e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-204ENST00000424705 2046 ntTSL 514.34□□□□□ -0.111e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-262ENST00000640542 2169 ntTSL 514.2□□□□□ -0.141e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-214ENST00000638383 2235 ntTSL 513.66□□□□□ -0.221e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-270ENST00000640940 1764 ntTSL 513.6□□□□□ -0.231e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-261ENST00000640364 2840 ntTSL 513.4□□□□□ -0.261e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-216ENST00000638415 1738 ntTSL 513.14□□□□□ -0.311e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-212ENST00000638277 879 ntTSL 513.13□□□□□ -0.311e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-247ENST00000639664 1878 ntTSL 513□□□□□ -0.331e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-260ENST00000640324 2098 ntTSL 512.78□□□□□ -0.361e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-227ENST00000638710 2327 ntTSL 512.65□□□□□ -0.381e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-234ENST00000638962 2090 ntTSL 512.18□□□□□ -0.461e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-210ENST00000638241 2006 ntTSL 211.66□□□□□ -0.541e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-235ENST00000638967 2194 ntTSL 511.57□□□□□ -0.561e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-225ENST00000638689 4314 ntTSL 510.21□□□□□ -0.771e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-229ENST00000638745 6087 ntTSL 59.9□□□□□ -0.821e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 PIGT-241ENST00000639250 3363 ntTSL 59.31□□□□□ -0.921e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.963e-9■■■■■ 29.3
UPF1Q92900 KIAA0930-214ENST00000493003 586 ntTSL 428.52■■■□□ 2.162e-9■■■■■ 29.3
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