Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP41Q3LFD5 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms