Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC32.6■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC32.58■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC32.58■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.57■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC32.54■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC32.53■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
TCOF1Q13428 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
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