Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.2 ms