Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG1P18858 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
LIG1P18858 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG1P18858 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG1P18858 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG1P18858 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG1P18858 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG1P18858 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG1P18858 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIG1P18858 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIG1P18858 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIG1P18858 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIG1P18858 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIG1P18858 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIG1P18858 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIG1P18858 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIG1P18858 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIG1P18858 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIG1P18858 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIG1P18858 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIG1P18858 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG1P18858 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG1P18858 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG1P18858 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG1P18858 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG1P18858 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG1P18858 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG1P18858 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIG1P18858 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIG1P18858 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.2 ms