Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VPS35Q96QK1 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms