Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 OXCT1-205ENST00000510634 1441 ntTSL 2 BASIC7.1□□□□□ -1.275e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 AL034397.2-201ENST00000424241 857 ntTSL 2 BASIC7.07□□□□□ -1.285e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CORO1C-211ENST00000549387 873 ntTSL 37.01□□□□□ -1.291e-7■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 ATP11B-206ENST00000484691 488 ntTSL 36.99□□□□□ -1.295e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 KLHL5-203ENST00000381930 3288 ntTSL 1 (best) BASIC6.64□□□□□ -1.355e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 HADH-205ENST00000510728 751 ntTSL 36.21□□□□□ -1.425e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 OXCT1-206ENST00000512084 1593 ntTSL 2 BASIC5.97□□□□□ -1.455e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 ATP11B-208ENST00000491699 1660 ntTSL 1 (best)5.82□□□□□ -1.485e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 ATP11B-202ENST00000466758 2390 ntTSL 1 (best)5.56□□□□□ -1.525e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 KLHL5-202ENST00000261426 3300 ntTSL 1 (best) BASIC5.22□□□□□ -1.575e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 ATP11B-207ENST00000490303 2290 ntTSL 25□□□□□ -1.615e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 ATP11B-210ENST00000498086 3259 ntTSL 53.14□□□□□ -1.915e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 HSPH1-207ENST00000626866 4381 ntTSL 21.89□□□□□ -2.115e-10■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 FAF1-203ENST00000472808 759 ntTSL 34.82□□□□□ -1.645e-9■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 PIK3CB-204ENST00000462898 4747 ntTSL 516.31■□□□□ 0.24e-9■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 PIK3CB-208ENST00000477593 4658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.45□□□□□ -1.224e-9■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 PIK3CB-201ENST00000289153 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.39□□□□□ -1.394e-9■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.471e-9■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.461e-9■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.081e-9■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 RNASEH2B-205ENST00000495244 971 ntTSL 55.66□□□□□ -1.51e-9■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.221e-6■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.081e-6■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CLN6-224ENST00000638076 2323 ntTSL 1 (best)21.62■■□□□ 1.051e-6■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 AC107871.1-203ENST00000637054 3238 ntTSL 516.97■□□□□ 0.311e-6■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 AC107871.1-201ENST00000637888 2941 ntTSL 516.63■□□□□ 0.251e-6■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.221e-6■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CLN6-217ENST00000636964 3335 ntTSL 211.78□□□□□ -0.521e-6■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 HSP90AA1-203ENST00000553585 581 ntTSL 36.95□□□□□ -1.32e-14■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.058e-12■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.348e-12■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.28e-12■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCT7-201ENST00000258091 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.088e-12■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.752e-6■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.973e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.883e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-209ENST00000511490 418 ntTSL 517.65■□□□□ 0.423e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-204ENST00000506186 580 ntTSL 217.36■□□□□ 0.373e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-207ENST00000510097 564 ntTSL 416.12■□□□□ 0.173e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-202ENST00000393929 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.133e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-201ENST00000340828 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.273e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-210ENST00000511683 1071 ntTSL 210.85□□□□□ -0.673e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 CCNG1-212ENST00000512532 540 ntTSL 23.44□□□□□ -1.863e-19■■■■■ 32.3
LIN28BQ6ZN17 RPA1-201ENST00000254719 4340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.06□□□□□ -0.964e-8■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 RPA1-207ENST00000574049 3849 ntTSL 57.72□□□□□ -1.173e-11■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 EIF4A2-215ENST00000467585 570 ntTSL 214.49□□□□□ -0.097e-10■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 SERINC3-203ENST00000411544 812 ntTSL 310.25□□□□□ -0.774e-8■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.974e-9■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.744e-9■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.124e-9■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 PITPNB-201ENST00000320996 2826 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.144e-9■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 PITPNB-210ENST00000493007 564 ntTSL 310.11□□□□□ -0.794e-9■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 PITPNB-209ENST00000477861 786 ntTSL 56.29□□□□□ -1.44e-9■■■■■ 32.2
LIN28BQ6ZN17 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.652e-16■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 ANKRD30BL-204ENST00000470729 1425 ntTSL 1 (best)18.25■□□□□ 0.512e-10■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC16.76■□□□□ 0.272e-10■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 INHA-202ENST00000489456 645 ntTSL 216.02■□□□□ 0.162e-16■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 ENO1-203ENST00000486051 536 ntTSL 37.29□□□□□ -1.248e-47■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 ASAH1-207ENST00000519468 746 ntTSL 315.68■□□□□ 0.17e-8■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 MAP1B-206ENST00000513526 2154 ntTSL 216.13■□□□□ 0.172e-9■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 MAP1B-204ENST00000511641 2056 ntTSL 1 (best)15.91■□□□□ 0.142e-9■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 MAP1B-201ENST00000296755 12036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.97□□□□□ -0.972e-9■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 MAP1B-203ENST00000504492 2079 ntTSL 1 (best)5.72□□□□□ -1.492e-9■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-209ENST00000578495 916 ntTSL 511.17□□□□□ -0.621e-13■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-233ENST00000584784 818 ntTSL 510.34□□□□□ -0.751e-13■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 SON-205ENST00000421541 1151 ntTSL 1 (best)5.48□□□□□ -1.531e-7■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 32.1
LIN28BQ6ZN17 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.294e-12■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.214e-12■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 SEC13-202ENST00000350697 1425 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.054e-12■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 SEC13-209ENST00000397117 1603 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.064e-12■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 SEC13-203ENST00000383801 1479 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.174e-12■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.112e-12■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 PTGFRN-203ENST00000497385 457 ntTSL 32.75□□□□□ -1.972e-12■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.014e-10■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 NAGA-202ENST00000402937 1869 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.01□□□□□ -0.492e-8■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 NAGA-201ENST00000396398 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.522e-8■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 NAGA-203ENST00000403363 1856 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.542e-8■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 RFESD-201ENST00000311364 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.26e-19■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 RFESD-203ENST00000458310 2788 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.516e-19■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 RFESD-207ENST00000511684 615 ntTSL 311.24□□□□□ -0.616e-19■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 RFESD-208ENST00000513950 464 ntTSL 5 BASIC4.61□□□□□ -1.676e-19■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 RFESD-202ENST00000380005 2587 ntTSL 2 BASIC3.61□□□□□ -1.836e-19■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 SERINC3-201ENST00000255175 1726 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.231e-7■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 SERINC3-202ENST00000342374 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.561e-7■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 APLP2-213ENST00000529701 573 ntTSL 524.12■■□□□ 1.451e-21■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 ITPR2-210ENST00000545902 581 ntTSL 34.41□□□□□ -1.73e-9■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 RPL13A-205ENST00000474171 521 ntTSL 212.85□□□□□ -0.351e-24■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 RPL13A-203ENST00000468655 407 ntTSL 210.68□□□□□ -0.71e-24■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 DST-206ENST00000370788 17657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.62□□□□□ -1.032e-6■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 DST-207ENST00000421834 18030 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.14□□□□□ -1.112e-6■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 DST-202ENST00000312431 17756 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.5□□□□□ -1.692e-6■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 DST-201ENST00000244364 16742 ntTSL 1 (best) BASIC3.45□□□□□ -1.862e-6■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 DST-204ENST00000361203 22431 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.07□□□□□ -1.922e-6■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 COPA-206ENST00000545266 574 ntTSL 25.45□□□□□ -1.543e-14■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 FGA-201ENST00000302053 3678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.62□□□□□ -1.355e-11■■■■■ 32
LIN28BQ6ZN17 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.09□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 31.9
LIN28BQ6ZN17 PAK2-203ENST00000481344 371 ntTSL 24.63□□□□□ -1.671e-7■■■■■ 31.9
LIN28BQ6ZN17 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.41e-9■■■■■ 31.9
LIN28BQ6ZN17 EIF1AX-202ENST00000379607 4427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.56□□□□□ -0.881e-9■■■■■ 31.9
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 424.9 ms