Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.61■■■■□ 3.45
CUX1P39880 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CUX1P39880 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CUX1P39880 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
CUX1P39880 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CUX1P39880 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CUX1P39880 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CUX1P39880 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CUX1P39880 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
CUX1P39880 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC36.59■■■■□ 3.45
CUX1P39880 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CUX1P39880 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC36.58■■■■□ 3.45
CUX1P39880 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC36.58■■■■□ 3.45
CUX1P39880 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CUX1P39880 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.58■■■■□ 3.45
CUX1P39880 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
CUX1P39880 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC36.57■■■■□ 3.45
CUX1P39880 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.45
CUX1P39880 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
CUX1P39880 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
CUX1P39880 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.44
CUX1P39880 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC36.57■■■■□ 3.44
CUX1P39880 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC36.57■■■■□ 3.44
CUX1P39880 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
CUX1P39880 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.44
CUX1P39880 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.44
CUX1P39880 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC36.57■■■■□ 3.44
CUX1P39880 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CUX1P39880 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC36.56■■■■□ 3.44
CUX1P39880 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CUX1P39880 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC36.56■■■■□ 3.44
CUX1P39880 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC36.56■■■■□ 3.44
CUX1P39880 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CUX1P39880 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
CUX1P39880 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC36.56■■■■□ 3.44
CUX1P39880 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CUX1P39880 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CUX1P39880 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC36.55■■■■□ 3.44
CUX1P39880 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
CUX1P39880 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC36.54■■■■□ 3.44
CUX1P39880 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CUX1P39880 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
CUX1P39880 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CUX1P39880 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CUX1P39880 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CUX1P39880 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CUX1P39880 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC36.53■■■■□ 3.44
CUX1P39880 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CUX1P39880 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
CUX1P39880 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
CUX1P39880 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CUX1P39880 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
CUX1P39880 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
CUX1P39880 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
CUX1P39880 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
CUX1P39880 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
CUX1P39880 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC36.51■■■■□ 3.44
CUX1P39880 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
CUX1P39880 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
CUX1P39880 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
CUX1P39880 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
CUX1P39880 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC36.49■■■■□ 3.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms