Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXA9P31269 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXA9P31269 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXA9P31269 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXA9P31269 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXA9P31269 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA9P31269 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA9P31269 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms