Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC27.57■■■□□ 2
COL5A3P25940 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC27.57■■■□□ 2
COL5A3P25940 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC27.57■■■□□ 2
COL5A3P25940 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC27.57■■■□□ 2
COL5A3P25940 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL5A3P25940 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL5A3P25940 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL5A3P25940 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL5A3P25940 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL5A3P25940 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL5A3P25940 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL5A3P25940 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL5A3P25940 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL5A3P25940 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COL5A3P25940 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL5A3P25940 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
COL5A3P25940 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
COL5A3P25940 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL5A3P25940 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms