Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL6A1P12109 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A1P12109 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A1P12109 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms