Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RNF40O75150 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RNF40O75150 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RNF40O75150 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
RNF40O75150 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RNF40O75150 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
RNF40O75150 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
RNF40O75150 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
RNF40O75150 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
RNF40O75150 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
RNF40O75150 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
RNF40O75150 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms