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| PTPRJ | Q12913 | SLFNL1-202 | ENST00000359345 | 4310 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | SRGAP3-201 | ENST00000360413 | 8415 nt | TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | SPTBN2-201 | ENST00000309996 | 7866 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | AFF1-201 | ENST00000307808 | 9390 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | SYBU-204 | ENST00000408908 | 2983 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | GBP1P1-201 | ENST00000394662 | 1740 nt | BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | AP001972.5-201 | ENST00000624624 | 2338 nt | BASIC | 12.87 | □□□□□ -0.35 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | SETD4-207 | ENST00000399215 | 4272 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | AC090114.2-201 | ENST00000608477 | 7054 nt | BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | PSMD11-201 | ENST00000261712 | 4098 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | PTRH2-201 | ENST00000393038 | 901 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | CETN3-204 | ENST00000522565 | 867 nt | TSL 2 BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | HTATIP2-205 | ENST00000530266 | 713 nt | TSL 3 BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | EIF5A-207 | ENST00000572815 | 811 nt | TSL 5 BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | MIR6871-201 | ENST00000613433 | 56 nt | BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | AC072062.1-201 | ENST00000617699 | 351 nt | TSL 5 BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | PASK-216 | ENST00000629419 | 216 nt | TSL 5 BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | AC073264.4-201 | ENST00000638055 | 623 nt | BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | TNNT3-216 | ENST00000641119 | 941 nt | APPRIS ALT2 BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | NBR1-205 | ENST00000589872 | 3097 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |
| PTPRJ | Q12913 | AFF2-202 | ENST00000342251 | 7313 nt | TSL 1 (best) BASIC | 12.86 | □□□□□ -0.35 | | |