Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMA1Q9UHB6 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMA1Q9UHB6 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMA1Q9UHB6 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms