Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC39Q9UFE4 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC39Q9UFE4 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms