Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CHMP4AQ9BY43 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC27.54■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms