Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
USP54Q70EL1 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
USP54Q70EL1 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP54Q70EL1 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms