Protein–RNA interactions for Protein: P78367

NKX3-2, Homeobox protein Nkx-3.2, humanhuman

Predictions only

Length 333 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-2P78367 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX3-2P78367 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
NKX3-2P78367 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms