Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
HOXD4P09016 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
HOXD4P09016 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms