Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
MSX2P35548 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSX2P35548 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSX2P35548 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSX2P35548 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSX2P35548 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSX2P35548 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSX2P35548 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSX2P35548 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSX2P35548 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSX2P35548 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
MSX2P35548 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
MSX2P35548 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
MSX2P35548 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
MSX2P35548 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSX2P35548 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSX2P35548 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSX2P35548 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSX2P35548 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSX2P35548 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSX2P35548 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSX2P35548 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSX2P35548 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
MSX2P35548 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
MSX2P35548 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
MSX2P35548 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
MSX2P35548 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
MSX2P35548 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSX2P35548 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
MSX2P35548 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
MSX2P35548 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
MSX2P35548 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
MSX2P35548 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
MSX2P35548 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSX2P35548 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSX2P35548 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSX2P35548 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSX2P35548 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSX2P35548 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSX2P35548 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSX2P35548 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSX2P35548 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
MSX2P35548 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
MSX2P35548 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSX2P35548 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
MSX2P35548 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSX2P35548 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
MSX2P35548 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
MSX2P35548 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSX2P35548 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSX2P35548 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSX2P35548 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSX2P35548 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSX2P35548 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSX2P35548 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSX2P35548 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
MSX2P35548 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSX2P35548 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSX2P35548 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSX2P35548 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSX2P35548 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSX2P35548 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSX2P35548 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSX2P35548 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
MSX2P35548 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSX2P35548 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSX2P35548 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSX2P35548 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSX2P35548 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSX2P35548 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSX2P35548 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
MSX2P35548 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSX2P35548 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSX2P35548 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSX2P35548 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSX2P35548 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSX2P35548 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
MSX2P35548 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
MSX2P35548 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
MSX2P35548 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
MSX2P35548 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
MSX2P35548 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
MSX2P35548 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
MSX2P35548 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
MSX2P35548 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
MSX2P35548 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
MSX2P35548 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
MSX2P35548 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
MSX2P35548 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
MSX2P35548 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
MSX2P35548 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
MSX2P35548 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
MSX2P35548 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
MSX2P35548 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
MSX2P35548 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
MSX2P35548 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
MSX2P35548 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MSX2P35548 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
MSX2P35548 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
MSX2P35548 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms